La premère version de l'animé est très différente de celle du manga sur papier. Certain personnage qui apparaissent ne sont pas dans le manga sur papier et inversement. Cette version compte 51 épisodes. On peut aussi noter quelques petits défauts, dans les openings, le tatouage d'ouroboros, sensé se trouver au dessus de la poitrine de l'homonculus Lust, aura disparut. Un autre petit défaut est à noter, au moment où Edward se battera chez Mme Dante avec l'homonculus nommé Greed, Edward déchirera son manteau qui dans les scènes suivantes sera comme neuf. L'animé a été fait alors que le manga papier n'avait pas encore été terminé. Sans regarder le film on restera sur notre faim, Conqueror Of Shamaballa est la suite qui nous permet de nous rassasier.

Dans la version Brotherhood on est plus proche de la version papier, les personnages restent les mêmes et ainsi de suite... Le manga est plus respecté et on peut savourer tout en animé, mais mieux vaut toujours avoir les tomes ! Cette version compte 64 épisodes. On peut egalement remarquer que Edward fait vraiment son âge voir plus, et parait moins "gamin" ou "enfantin" que dans la première version. Les bandes son sont extra Avec Romi Paku pour la vo et Arthur Pestel en vf. Les openings et endings sont bien dans l'univers du manga notement avec Again de Yui.